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Studi dei sedimenti, fango secco e campioni di acqua dal lago elmenteita rivelano la presenza di thaumarchaeota ed euryarchaeota- (Italian)

Jacqueline O. Akanga, Hamadi I. Boga, Hans-Peter Klenk

Institute for Biotechnology Research, Jomo Kenyatta University of Agriculture and Technology, Nairobi, Kenya

Taita Taveta University College. Voi, Kenya

Newcastle University, School of Biology, Newcastle Upon Tyne, UK

Key words: Thaumarchaeota, Euryarchaeota, 16S rRNA, metagenomics, Lake Elmenteita.

methanogens485Riepilogo
In modo da fornire la nuova comprensione nella diversità di Archaea in fango secco, sedimenti e acqua dal Lago Elmenteita in Kenya, è stata condotta un’indagine utilizzando un approccio di coltura-indipendente dopo l’estrazione del DNA genomico totale dai campioni ambientali utilizzando metodi di estrazione adatto. Piccolo inserto clone librerie furono costruite da amplificare geni rRNA 16S utilizzando primer specifici archaea, seguita da clonazione da cui 94 non chimerico sequenze sono state ottenute e un totale di 34 unità tassonomica operative (OTUs) sono stati identificati. Il OTUs sono stati raggruppati in Thaumarchaeota (6%) ed Euryarchaeota (94%). Circa il 90% dei cloni sono stati collegati con i geni da Archaea incolto, rispetto al 10% che ha mostrato di affiliazione con i geni da Archaea precedentemente coltivata. La somiglianza dei cloni sequenziati digitare ceppi era costantemente inferiore rispetto la somiglianza ai membri incolti di Archaea. Cloni da acqua e sedimento sono stati dominati dalle sequenze da Euryarchaea, mentre cloni dai campioni di fango secco ha mostrato affiliazioni sia Euryarchaeota e Thaumarchaeota, con il phylum predominante essendo Euryarchaeota. Questo è il primo studio reporting alla presenza dei rappresentanti di Thaumarachaeota da Lake Elmenteita e aggiunge sequenze dal Lago Elmenteita al database in via di sviluppo di librerie di clone di 16S rRNA ottenute da fonti ambientali.
Get the original articles in Source: Volume 6, Number 6, June 2015 – JBES

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